软件开发企业如果是一般纳税人，在税收方面可能有以下优惠：增值税即征即退政策，自行开发生产的软件产品，对实际税负超过3%的部分实行即征即退。研发费用加计扣除，在计算企业所得税时，研发费用可以加计扣除一定比例。如果符合高新技术企业认定标准，可享受15%的企业所得税优惠税率。
三）纳税人受托开发软件产品，著作权属于受托方的征收增值税，著作权属于委托方或属于双方共同拥有的不征收增值税；对经过国家版权局注册登记，纳税人在销售时一并转让著作权、所有权的，不征收增值税。
软件开发业务的计税通常涉及以下方面：首先是增值税。如果是一般纳税人，提供软件开发服务适用6%的税率。小规模纳税人征收率通常为3%，疫情期间可能有优惠政策。企业所得税方面，按应纳税所得额乘以适用税率计算。应纳税所得额为收入总额减去不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额。
优惠政策内容：新办软件企业经认定后，自开始获利年度起，第一年至第二年免征所得税，第三年至第五年减半征收所得税。（两免三减半）软件企业享受优惠政策是从获利年度，有别于其他企业从成立之日起。
1、软件开发服务费开发票，如果是一般纳税人，税率通常为6%。如果是小规模纳税人，税率通常为3%（疫情期间可能有优惠税率）。比如，一家规模较大的软件开发服务企业作为一般纳税人，开具发票的税率是6%。而一个小型的软件开发服务工作室，若是小规模纳税人，通常发票税率为3%。
2、根据《财政部 国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》财税【2011】100号，增值税一般纳税人销售自行开发生产的软件产品时，以17%的税率征收增值税。但对增值税实际税负超过3%的部分，可以实行即征即退政策。因此，若最终税率超过3%，超出部分可申请退税。
3、软件公司开出发票“软件开发服务费”，营改增后，一般不需要交营业税，而是缴纳增值税。但具体是否缴纳增值税以及适用的税率，取决于软件公司的纳税人身份和业务具体情况。例如，如果是小规模纳税人，可能适用3%的征收率；如果是一般纳税人，可能适用6%的税率，符合条件的还可能享受增值税即征即退政策。
4、软件开发发票的综合税率在7%左右 具体税种：增值税，一般纳税人税率6 城建税。
关于软件开发项目的增值税发票税额，需根据相关文件规定进行计算。根据《财政部 国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》财税【2011】100号，增值税一般纳税人销售自行开发生产的软件产品时，以17%的税率征收增值税。但对增值税实际税负超过3%的部分，可以实行即征即退政策。
金融业：统一征收6%增值税。免税项目如金融机构农户小额贷款、国家助学贷款、国债地方政府债、人民银行对金融机构的贷款等的利息收入。小规模纳税人征收率统一为3%，个人销售不动产和出租业务征收率为5%，部分差额征收率为5%。
软件公司开出发票“软件开发服务费”，营改增后，一般不需要交营业税，而是缴纳增值税。但具体是否缴纳增值税以及适用的税率，取决于软件公司的纳税人身份和业务具体情况。例如，如果是小规模纳税人，可能适用3%的征收率；如果是一般纳税人，可能适用6%的税率，符合条件的还可能享受增值税即征即退政策。
一般纳税人开具发票发票，不管是增值税专用发票，还是普通发票，税率都是17%。只不过一个是电脑版，一个是手写。以后普通发票也实行电脑版。就是现在航天信息防伪开票系统升级的v10版一机多票开票子系统。
1、软件行业一般分为软件开发和软件服务，营改增之前软件服务是营业税范围，不参与即征即退的。营改增之后，服务也纳入增值税范围，对于一般纳税人，服务部分的税率是从5%变成6%了，所以税负不一定降低的。
2、营改增（营业税改为增值税）是中国税制改革的一个重要方面，主要目的是降低企业负担，推进国民经济结构调整和转型升级。现代服务业是营改增的主要调整对象之一，其包括但不限于以下行业：信息技术服务业：包括软件开发、互联网信息服务、数据处理和存储服务等。
3、北京市国税局已明确了“营改增”的服务范围。自9月1日起，北京市作为试点地区，将实施增值税改革，涉及约18万户的交通运输业和部分现代服务业。具体包括： **交通运输业**：涵盖陆路（公路、缆车、索道等）、水路（包括远洋运输的程租和期租）、航空（含湿租业务）和管道运输服务。
4、营改增的实施分为三个阶段：首先在2012年，上海等地试点交通运输业和部分现代服务业；随后在2013年和2014年逐步扩展到全国范围，包括广播影视、铁路邮政和电信业；最后在2016年全面覆盖建筑业、房地产业、金融业和生活服务业，确保所有行业税负减负。
5、营改增中部分现代服务业具体包括如下：研发和技术服务：研发和技术服务，包括研发服务、技术转让服务、技术咨询服务、合同能源管理服务、工程勘察勘探服务。信息技术服务：是指利用计算机、通信网络等技术对信息进行生产、收集、处理、加工、存储、运输、检索和利用，并提供信息服务的业务活动。
6、现代服务行业主要包括：交通运输业、仓储和邮政业、信息传输业、计算机服务业、软件业、批发和零售业、住宿和餐饮业、金融业、房地产业、租赁和商务服务业，科学研究、技术服务和地质勘查业，水利、环境和公共设施管理业，教育、卫生、社会保障和社会福利业，文化、体育和娱乐业。